Sollte ich bereits manuell die privaten KV/PV Beiträge eingegeben haben, werden diese dann durch die Rückmeldung über ELSTAM gelöscht?

Nein, die zurückgemeldeten Werte werden in der Sozialversicherungsmaske im Personalstamm unter „ELSTAM priv. KV/PV“ eingetragen. Die manuell eingetragenen Werte bleiben also in der Sozialversicherungsmaske unter „Allgemein“ bestehen.